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Usando Blender para representar moléculas

junio 27, 2011

Tecnología e informática son materias interdisciplinarias y ambas pueden enfocarse en común a otras materias. En este contexto se me ocurrió la posibilidad de usar blender para representar moléculas sencillas, que abarca la química y las matemáticas (por el uso de coodenadas cartesianas en tres dimensiones).

La representación de las moléculas puede hacerse de varias maneras. La más sencilla sería representar los átomos como esferas usando los radios atómicos (los valores pueden verse por ejemplo, en este enlace de educaplus). Para conocer las coordenadas de cada átomo se pueden usar las bases de datos que contienen esta información en formato pdb (de protein data bank) que están referidas a coordenadas cartesianas en tres dimensiones, algo adecuado para blender. De esta manera no hay más que ir insertando esferas, usando los radios atómicos y las coordenadas del fichero pdb (en nuestro ejemplo lo hemos aplicado al aminoácido alanina, cuyo fichero puede descargarse desde aquí).

Un modelo más habitual que el de solo esferas, es el que usa esferas para los átomos y cilindros para los enlaces entre los mismos. Para hacer los cilindros opté por usar curvas Bezier de sólo dos puntos (entre cada átomo) y usar un perfil de círculo Bezier para la curva, de tal forma que entre cada par de átomos unidos químicamente hay un cilindro que une a las esferas atómicas desde sus centros.

Ambas representaciones son las que usé para hacer este video concretando en el aminoácido alanina.

4 comentarios

  1. Es un poco dificil de usar blender lo probe, pero las cosas que se pueden hacer son varias y muy buenas


  2. Estoy interesado en realizar una serie de moléculas sencillas en 3d. Empezaré este verano, me pregunto si sería posible ampliar esta información, no consigo la base de datos con las coordenadas de los átomos para cada molécula.
    Muchas gracias


  3. @Francisco Mariño: usé la alanina porque estaba en formato pdb que es gratuito y usa un sistema sencillo cartesiano. Tampoco soy un experto en este campo, pero mirando encontré esto:

    http://www.xtal.iqfr.csic.es/Cristalografia/parte_09.html#databases

    en el que se indica que hay bases de datos licenciadas (que se podrían en consultar en las facultades que las tuvieran) y otra gratuítas.

    De todas formas supongo que si no hay alguna base de datos genérica, siempre se puede buscar un compuesto en concreto en un cierto formato (ejemplo pdb) a través de google.

    Saludos y suerte,

    Raúl


  4. Tienes razón buscando moléculas concretas en formato pdb en google es posible conseguirlas. Muchas gracias, ahora solo me falta meterle el diente a blender.
    Mucha gracias



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