Archive for 27 junio 2011

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Usando Blender para representar moléculas

junio 27, 2011

Tecnología e informática son materias interdisciplinarias y ambas pueden enfocarse en común a otras materias. En este contexto se me ocurrió la posibilidad de usar blender para representar moléculas sencillas, que abarca la química y las matemáticas (por el uso de coodenadas cartesianas en tres dimensiones).

La representación de las moléculas puede hacerse de varias maneras. La más sencilla sería representar los átomos como esferas usando los radios atómicos (los valores pueden verse por ejemplo, en este enlace de educaplus). Para conocer las coordenadas de cada átomo se pueden usar las bases de datos que contienen esta información en formato pdb (de protein data bank) que están referidas a coordenadas cartesianas en tres dimensiones, algo adecuado para blender. De esta manera no hay más que ir insertando esferas, usando los radios atómicos y las coordenadas del fichero pdb (en nuestro ejemplo lo hemos aplicado al aminoácido alanina, cuyo fichero puede descargarse desde aquí).

Un modelo más habitual que el de solo esferas, es el que usa esferas para los átomos y cilindros para los enlaces entre los mismos. Para hacer los cilindros opté por usar curvas Bezier de sólo dos puntos (entre cada átomo) y usar un perfil de círculo Bezier para la curva, de tal forma que entre cada par de átomos unidos químicamente hay un cilindro que une a las esferas atómicas desde sus centros.

Ambas representaciones son las que usé para hacer este video concretando en el aminoácido alanina.

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Modelando con Blender (trabajo de los alumnos)

junio 21, 2011

Un par de muestras de creaciones hechas por los alumnos (4ºESO informática) con Blender.